El argentino recibió el permiso del club, para ausentarse del último encuentro de liga y descansar más tiempo antes de jugar la Copa América.
Isak anotó en el Estadio de Ipurúa del Eibar con un disparo a bocajarro a los 26 minutos.
Braithwaite falló un penalti y vio cómo le anulaban un gol mientras la única buena noticia fue el retorno con gol de Dembélé.
Granada de los venezolanos Yangel Herrera y Darwin Machis logró el triunfo.
Luis Suárez volvió a marcar por el conjunto colchonero que tiene dos partidos pendientes.
Los de Lopetegui van invictos tras el parón y sumando su segundo triunfo consecutivo.
Los merengues siguen a dos puntos del líder FC Barcelona.