En las investigaciones sobre el consumo de la hierba de San Juan para afecciones específicas, se puede observar lo siguiente:

• Depresión. Varios estudios destacan el beneficio terapéutico para el tratamiento de la depresión de leve a moderada. De hecho, algunas investigaciones han demostrado que el suplemento es tan eficaz como varios antidepresivos de venta con receta médica. Aún no están claros sus beneficios en el tratamiento de la depresión grave. Debido a que la hierba de San Juan interactúa con varios medicamentos, puede no ser una opción adecuada, especialmente si toma medicamentos de venta con receta médica.
• Síntomas de la menopausia. Ciertas pruebas sugieren que tomar solo hierba de San Juan o en combinación con cimicifuga u otras plantas medicinales puede reducir los síntomas menopáusicos, como los sofocos.
• Trastorno de síntomas somáticos. Algunos estudios indican que puede ser beneficiosa para el tratamiento de esta afección que causa ansiedad grave acerca de los síntomas físicos, como dolor, debilidad o falta de aire.

Cuando se la toma por vía oral por hasta 12 semanas en dosis adecuadas, la hierba de San Juan generalmente se considera segura. Sin embargo, puede causar lo siguiente:

• Agitación y ansiedad
• Mareos
• Diarrea, estreñimiento y molestias estomacales
• Sequedad en la boca

Otros efectos secundarios posibles:

• Fatiga e insomnio
• Dolor de cabeza
• Fotosensibilidad, que es sensibilidad elevada a la luz solar

No hay información suficiente sobre la seguridad de la aplicacion tópica de la hierba de San Juan.

No use la hierba de San Juan durante el embarazo o la lactancia.

La lista siguiente incluye algunas interacciones reconocidas. Sin embargo, hay otros medicamentos pueden interactuar con la hierba de San Juan. Consulte al médico antes de tomar hierba de San Juan en combinación con otros medicamentos, particularmente medicamentos con receta médica.

• Alprazolam (Xanax). Tomar con este medicamento utilizado para aliviar los síntomas de ansiedad puede reducir su efecto.
• Antidepresivos. Tomar con antidepresivos puede aumentar el riesgo de acumulación de niveles altos de serotonina en el cuerpo. El exceso de serotonina puede causar efectos secundarios de leves a graves. Tomar este suplemento y un antidepresivo requiere la supervisión de un médico.
• Barbitúricos. Tomar junto con un barbitúrico, que es un medicamento que actúa como depresor del sistema nervioso central, puede reducir el tiempo de sueño inducido por barbitúricos.
• Bupropión (Wellbutrin SR, Forfivo XL). Tomar con este antidepresivo puede reducir el efecto del medicamento.
• Determinados medicamentos de quimioterapia. Tomar con irinotecan (Camptosar, Onivyde), docetaxel (Taxotere) o imatinib (Gleevec) puede reducir los efectos de los medicamentos de quimioterapia.
• Ciertos fármacos inmunosupresores. Tomar hierba de San Juan con tacrolimus (Prograf, Astagraf XL y otros) o ciclosporina (Neoral, Sandimmune y otros) puede reducir el efecto del medicamento.
• Ciertas estatinas. Tomar con simvastatina (Zocor, Flolipid) puede reducir la eficacia del medicamento.
• Anticonceptivos. Tomar  con anticonceptivos puede causar sangrado intermenstrual, sangrado irregular o embarazo no planificado. Es posible que se requiera el uso de otro método anticonceptivo.
• Sustratos de citocromo P450 1A2 (CYP1A2), citocromo P450 2B6 (CYP2B6), citocromo P450 2C19 (CYP2C19) y citocromo P450 2C9 (CYP2C9) y citocromo P450 3A4 (CYP3A4). No tome si está tomando un medicamento afectado por estas enzimas.
• Dextrometorfano. Tomar con antitusivos puede aumentar el riesgo de acumulación de niveles altos de serotonina en el cuerpo.
• Digoxina (Lanoxin). Tomar con este medicamento para el corazón puede reducir el efecto del medicamento.
• Fexofenadina (Allegra Allergy). Tomar  con este antihistamínico puede hacer que se acumule demasiada cantidad de este medicamento en el cuerpo y empeorar los efectos secundarios normales.
• Ketamina (Ketalar). Tomar h con ketamina puede reducir el efecto anestésico de este medicamento.
• Narcóticos. No tome hierba de San Juan con metadona (Methadose). Tomar con determinados narcóticos puede reducir la eficacia del medicamento. La combinación de este suplemento con narcóticos también puede aumentar los efectos analgésicos y el tiempo de sueño inducido por el narcótico.
• Inhibidores no nucleósidos de la transcriptasa inversa. Tomar con alguno de estos medicamentos para el VIH puede reducir el efecto del medicamento.
• Omeprazol (Prilosec). No tome con este medicamento utilizado para tratar la acidez estomacal persistente. El suplemento puede reducir la eficacia del medicamento.
• Fenitoína (Dilantin, Phenytek). Tomar con este anticonvulsivo puede causar la pérdida de control de la convulsión.
• Medicamentos fotosensibilizantes. Tomar con un medicamento que aumenta la sensibilidad a la luz solar puede aumentar el riesgo de una reacción.
• Inhibidores de la proteasa. Tomar con este medicamento antiviral puede reducir la eficacia del medicamento.
• Triptanos. No tome esta planta con estos medicamentos utilizados para tratar las migrañas. El suplemento puede aumentar el riesgo de acumulación de niveles altos de serotonina en el cuerpo. El exceso de serotonina puede causar efectos secundarios de leves a graves.
• Voriconazol. Tomar con este medicamento antimicótico puede reducir la eficacia del medicamento.
• Warfarina (Jantoven). Tomar hierba de San Juan con este medicamento para disminuir la coagulación sanguínea puede reducir el efecto del medicamento.